Safety, Sterilisasi dan Flora Normal (Praktikum Mikrobiology)

PETUNJUK PRAKTIKUM MIKROBIOLOGI

I.     Safety (Keamanan Kerja di Lab. Mikrobiologi)

         Pendahuluan

         Keamanan Laboratorium merupakan hal yang penting,  sebagai  upaya  keselamatan dalam  melaksanakan   pemeriksaan/praktikum   di  laboratorium,    dengan    tujuan melindungi pekerja/praktikan  dan  orang  sekitarnya  dari resiko  terkena  gangguan kesehatan yang  ditimbulkan  laboratorium.  Laboratorium Mikrobiologi adalah laboratorium yang kegiatannya berhubungan dengan mikroorganisme. Khususnya mikroorganisme penyebab infeksi.

Bekerja di Lab. Mikrobiologi

1.      Melindungi petugas/ Praktikan

·    Hindari penyebaran percikan bahan infeksi dari spesimen (mis : saat penanaman /pembakaran dengan sengkelit

·         Tempatkan spesimen pada wadah yang tahan bocor

·         Dekontaminasi permukaan meja dengan dekontaminan yang sesuai

·      Cuci tangan pada saat yang tepat dengan sabun/desinfektan, jangan menyentuh mulut, hidung dan mata saat bekerja

·         Jangan makan/minum/merokok saat bekerja

·         Gunakan jas praktikum saat bekerja

·         Hindari luka/tertusuk pada saat bekerja (lakukan segala sesuatu dengan hati-hati)

2.      Melakukan sterilisasi yang cukup sebelum mencuci alat/membuang sisa spesimen

3.      Menyediakan tempat tersendiri untuk peralatan yang digunakan dan telah terkontaminasi dengan bakteri

4.      Menyediakan tempat untuk sampah terkontaminasi dan tidak terkontaminasi

5.      Gunakan sarung tangan dengan tepat

Penggunaaan alat-alat di laboratorium

1.      Cara menggunakan pipet dan alat bantu pipet

·         Hindari memipet dengan mulut, gunakan alat bantu, masukkan sumbat kapas untuk mengurangi kontaminasi.

·         Jangan mencampur bahan infeksi dengan menghisap/meniup pipet

·         Jangan mengeluarkan cairan dari dalam pipet secara paksa

·         Gunakan kapas yang telah diberi disinfektan bila ada tetesan spesimen yang jatuh di meja, kemudian kapas di buang di tempat khusus untuk diautoclave

·         Rendam pipet habis pakai di disinfektan 18-24 jam

2.      Cara menggunakan jarum suntik (kecelakaan penggunaan jarum suntik penyebab umum infeksi yang terjadi di laboratorium dan fasilitas kesehatan lain)

·         Hindari gerakan cepat dan tergesa-gesa saat memegang jarum suntik

·         Gunakan sarung tangan

·         Buang kelebihan udara, cairan, gelembung secara vertikal ke kapas yang telah ada desinfektan

·         Jangan membengkokkan atau memindahkan jarum dengan tangan

·         Buang jarum suntik pada tempat khusus sebelum steril

3.       Cara pembukaan wadah

Pembukaan wadah botol atau cawan petri dan tabung biakan, memiliki potensi terinfeksi, karena tak terlihat dapat menimbulkan aerosol atau kontaminasi pada kulit atau daerah kerja. Pembukaan wadah di tempat kerja sering dilakukan, bila tidak hati-hati, bahan terinfeksi yang ada dalam wadah dapat menularkan secara langsung atau jatuh ke tempat kerja. Beberapa pencegahan yang dapat dilakukan untuk menghindari resiko terinfeksi adalah sebagai berikut :

·         Buka tutup wadah di tempat kerja dengan hati-hati agar isi dalam wadah tidak terpencar ke luar.

·         Gunakan jas lab. dan sarung tangan.

·         Hindari aerosol.

·         Spesimen yang bocor atau pecah hanya dibuka di dalam Safety Cabinet.

4.      Penerimaan spesimen di Laboratorium

·         Laboratorium mempunyai loket khusus penerimaan spesimen. Jika jumlah spesimen tidak banyak, maka tempat pemeriksaan spesimen dapat dilakukan pada meja khusus dalam areal laboratorium.

·         Spesimen harus di tempatkan dalam wadah yang tertutup rapat untuk mencegah tumpahnya/bocornya spesimen.

·         Wadah harus dapat didisinfeksi atau diautoklaf.

·         Wadah terbuat dari bahan tidak mudah pecah/bocor.

·         Wadah diberi label tentang identitas spesimen.

·         Wadah diletakkan pada baki khusus yang terbuat dari logam atau plastik yang dapat didisinfeksi atau diautoklaf ulang.

·         Baki harus didisinfeksi / diautoklaf secara teratur setiap hari.

·         Jika mungkin, wadah diletakkan di atas baki dalam posisi berdiri.

5.      Petugas pembawa spesimen dalam Laboratorium

·         Mengenakan jas laboratorium yang tertutup rapat pada bagian depan saat membawa spesimen.

·         Membawa spesimen di atas kaki

·         Mencuci tangan dengan disinfektan jika terkena tumpahan/percikan dari spesimen.

·         Jika spesimen bocor / tumpah di atas baki, dekontaminasi baki dan sisa spesimen diautoklaf.

·         Lapor pada petugas/panitia keamanan kerja laboratorium jika terluka saat bekerja.

6.      Tindakan khusus terhadap darah dan cairan tubuh

Tindakan di bawah ini dibuat untuk melindungi petugas laboratrorium terhadap infeksi yang ditularkan melalui darah seperti Virus hepatitis B, HIV (Human Immunodeficiency Virus) dan lain-lain.

a.       Mengambil, melabel dan membawa spesimen

·         Gunakan sarung tangan

·         Hanya petugas lab yang boleh melakukan pengambilan darah.

·         Setelah pengambilan darah, lepaskan jarum dari sempritnya dengan alat khusus yang sekaligus merupakan wadah penyimpanan jarum habis pakai. Pindahkan darah ke dalam tabung spesimen dengan hari-hati dan tutup rapat mulut tabung spesimen. Jarum suntik habis pakai sebaiknya dibakar dalam alat insinerasi. Jika fasilitas insinerasi tidak tersedia, jarum suntik dan sempritnya diautoklaf dalam kantong yang terpisah.

·         Tabung spesimen dan formulir permintaan harus diberi label BAHAYA INFEKSI.

·         Masukkan tabung ke dalam kantung plastik untuk dibawa ke laboratorium. Formulir permintaan dibawa secara terpisah.

b.      Membuka tabung spesimen dan mengambil sampel

·         Buka tabung spesimen dalam kabinet keamanan biologis Kelas I dan Kelas II.

·         Gunakan sarung tangan

·         Untuk mencegah percikan, buka sumbat tabung setelah dibungkus kain kasa.

c.       Kaca dan benda tajam

·         Jika mungkin, gunakan alat terbuat dari plastik sebagai pengganti kaca/gelas. Bahan kaca/gelas dapat dipakai jika terbuat dari borosilikat.

·         Sedapat mungkin, hindari penggunaan alat suntik selain untuk mengambil darah.

d.      Sediaan darah pada kaca objek

·         Pegang kaca objek dengan forsep

e.       Peralatan otomatis

·         Sebaiknya gunakan alat yang tertutup (enclosed type)

·         Cairan yang keluar dari alat/effalut harus dikumpulkan dalam tabung/wadah tertutup atau dibuang ke dalam sistem pembuangan limbah.

·         Jika memungkinkan, alirkan hipoklorit atau glutaraldehid ke dalam alat disinfektan hanya pada keadaan tertentu.

f.       Melakukan sentrifus

·         Gunakan tabung sentrifus yang mempunyai tutup

·         Gunakan selongsong/rotor yang dilengkapi penutup

g.      Jaringan

·         Fiksasi jaringan dengan formalin. Spesimen berukuran kecil, seperti dari biopsi jarum, dapat difiksasi dan didekontaminasi dalam waktu kurang lebih 2 jam, tetapi spesimen berukuran besar membutuhkan waktu beberapa hari.

·         Setelah melakukan potong beku (frozensection), alat (cryotome) haru didekontaminasi.

7.      Kecelakaan di Laboratorium

Di laboratorium mikrobiologi, infeksi bakteri merupakan resiko yang sering terjadi sebagai penyebab penularan utama pada petugas pemeriksa laboratorium.

Oleh sebab itu perlu diupayakan tindakan pencegahan dengan urutan prioritas sebagai berikut :

a.   Perlindungan petugas pemeriksa

·         Batasi kontaminasi

·         Dekontaminasi pegawai

·         Dekontaminasi areal yang berhubungan

b.  Dekontaminasi kulit

detergen tidak boleh digunakan, perawatan harus dilakukan dengan tidak merusak kulit

c. Dekontaminasi mata = dilakukan dengan perawatan air untuk mencegah penyebaran kontaminasi dari satu area ke area lainnya.

d.  Dekontaminasi pakaian

pakaian yang terkontaminasi harus dipindahkan secepatnya dan diletakkan pada wadah tertentu. Harus dipindahkan dari lokasi tumpahan sampai kontaminasi dapat termonitor.

e.   Dekontaminasi daerah kerja

Basahi semua daerah yang terkena tumpahan termasuk wadah yang rusak dengan disinfektan. Diamkan 10 menit. Bersihkan dengan tissue atau lap dengan menggunakan sarung tangan.

Dianjurkan disinfektan yang digunakan adalah Hypochlorite. Bila terjadi kecelakaan diruang kerja laboratorium, batasi orang yang masuk di daerah tersebut sampai dilakukan monitor terhadap kontaminasi oleh petugas. Kotak peralatan P3K yang lengkap harus tersedia di laboratorium dan diletakkan di tempat yang diketahui oleh semua staf laboratorium. Sebaiknya kotak peralatan tersebut disertai dengan petunjuk lengkap tentang pertolongan pada kecelakaan, terpotong/tersengat, luka bakar, keracunan, shock/collapse serta terbaca oleh semua staff.

II.   Sterilisasi

       Hampir semua tindakan yang dilakukan dalam diagnosa mikrobilogi, sterilisasi sangat diutamakan baik alat-alat yang dipakai maupun medianya. Bila penanaman spesimen dalam media, petri, ose maupun media yang digunakan tidak steril, maka sangat tidak mungkin untuk membedakan apakah kuman yang berhasil diisolasi tersebut berasal dari penderita atau merupakan hasil kontaminasi dari alat-alat atau media yang digunakan.

Suatu alat atau bahan dikatakan steril bila alat/bahan tersebut bebas dari mikroba baik dalam bentuk vegetatif maupun sopra. Tindakan untuk membebaskan alat atau media dari jasad renik disebut sterilisasi. Ada beberapa cara sterilisasi, untuk pemilihannya tergantung dari bahan/alat yang akan disterilkan. Secara garis besar sterilisasi dapat dibagi sebagai berikut :

1. pemanasan
2. filtrasi
3. penyinaran dengan sinar gelombang pendek (radiasi)
4. kimia (khemis)

A.    Sterilisasi dengan Pemanasan 

1.   Dengan pemanasan kering

Pembakaran

Alat yang digunakan adalah lampu spiritus/bunsen. Pembakaran dapat dilakukan dengan cara :

-          Memijarkan

Pembakaran dengan cara ini hanya cocok untuk alat-alat logam (ose, pinset, dll), yang dibiarkan sampai memijar. Dengan cara ini seluruh mikroorganisme, termasuk spora, dapat dibasmi.

-          Menyalakan

Dapat diartikan suatu pelintasan alat gelas (ujung pinset, bibir tabung, mulut erlenmeyer, dll) melalui nyala api. Cara ini merupakan hal darurat dan tidak memberikan jaminan bahwa mikroorganisme yang melekat pada alat dengan pasti terbunuh.

Cara mensterilkan ose :

Ose disterilkan dengan cara dibakar pada nyala api lampu spiritus atau lampu gas. Pada waktu memanaskan ose, dimulai dari pangkal kawat dan setelah terlihat merah berpijar secara pelan-pelan pemansan dilanjutkan ke ujung ose. Hal ini dimaksudkan untuk mencegah terloncatnya kuman akibat pemanasan langsung dan terlalu cepat pada mata ose. Nyala api pada sterilisator mempunyai perbedaan dalam derajat panas.

ABCD (diarsir)        : merupakan ruang oksidasi

ABCD                      : merupakan ruang reduksi

AB                           : dasar api

a                               : ruang oksidasi atas

b                               : ruang oksidasi bawah

c                               : ruang reduksi atas

d                               : ruang reduksi bawah

e                               : bagian yang paling tidak panas

Tempat yang paling panas adalah ruang oksidasi bawah yang letaknya kira-kira sepertiga bawah dari tingginya nyala api. Yang perlu diperhatikan :

-          jangan memegang mata ose dengan tangan sebelum ose disterilkan

-          jangan meletakkan ose di atas meja, tetapi letakkan pada tempat yang disediakan setelah disterilkan. 

Dengan udara panas (hot air oven)
Cara ini menggunakan udara yang dipanaskan dan kering, serta berlangsung dalam sterilisator udara panas (oven). Pemanasan dengan udara panas dugunakan untuk sterilisasi alat-alat laboratorium dari gelas misalnya : petri, tabung gelas, botol pipet dll, juga untuk bahan-bahan minyak dan powder misalnya talk. Bahan dari karet, kain, kapas dan kasa tidak dapat ditserilkan dengan cara ini. Setelah dicuci alat-alat yang akan disterilkan dikeringkan dan dibungkus dengan kertas tahan panas, kemudian dimasukkan dalam oven dan dipanaskan pada temperatur antara 150 - 170ºC, selama kurang lebih 90 – 120 menit. Hal yang perlu diperhatikan adalah bahwa di antara bahan yang disterilisasi harus terdapat jarak yang cukup, untuk menjamin agar pergerakan udara tidak terhambat.

2.      Dengan pemanasan basah

Dengan merebus 

Digunakan untuk mensterilkan alat-alat seperti gunting, pinset, skalpel, jarum, spuit injeksi dan sebagainya dengan cara direbus dalam suasana mendidih selama 30-60 menit.

Dengan uap air panas 

Digunakan terutama untuk mensterilkan media-media yang akan mengalami kerusakan bila dikerjakan dengan sterilisasi uap air panas dengan tekanan (autoklav) ataupun untuk alat-alat tertentu. Cara ini dijalankan dengan pemanasan 100ºC selama 1 jam. Perlu diingat bahwa dengan cara ini spora belum dimatikan, dan ada beberapa media yang tidak tahan pada panas tersebut (misalnya media Loewenstein, Urea Broth). Media tersebut disterilkan dengan cara sterilisasi bertingkat ataupun filtrasi. Alat yang digunakan adalah sterilisator, autoklav, dimana tekanan dalam autoklav dijaga tetap 1 atmosfer (klep pengatur tekanan dalam keadaan terbuka). 

Dengan uap air bertekanan (Autoklave) 

Dengan cara pengatur tekanan dalam autoklav, maka dapat dicapai panas yang diinginkan. Cara ini dipakai untuk sterilisasi media yang tahan terhadap pemanasan tinggi. Sterilisasi biasanya dijalankan dengan menggunakan panas 120ºC selama 10 – 70 menit tergantung kebutuhan. Hal yang perlu diperhatikan bila mengerjakan sterilisasi dengan menggunakan autoklav :

-          harus ditunggu selama bekerja

-   hati-hati bila mengurangi tekanan dalam autoklav (perubahann temperatur dan tekanan secara mendadak dapat menyebabkan cairan yang disterilkan meletus dan gelas-gelas dapat pecah).

Pada sterilisasi dengan pemanasan kering, bakteri akan mengalami proses oksidasi putih telur, sedang dengan sterilisasi panas basah, akan mengakibatkan terjadinya koagulasi putih telur bakteri. Dalam keadaan lembab jauh lebih cepat menerima panas daripada keadaan kering sehingga sterilisasi basah lebih cepat dibanding oksidasi).

Pasteurisasi

Digunakan untuk mensterilkan susu dan minuman beralkohol. Panas yang digunakan 61,7ºC selama 30 menit.

B.  Sterilisasi dengan Filtrasi 

Sterilisasi dengan cara ini dilakukan dengan mengalirkan cairan atau gas pada saringan berpori kecil sehingga dapat menahan mikroorganisme dengan ukuran tertentu. Kegunaan:

-          untuk sterilisasi media yang tidak tahan terhadap pemanasan, misalnya Urea Broth ataupun untuk sterilisasi vaksin, serum, enzim, vitamin.

-          Meminimalkan kuman udara masuk untuk ruangan kerja secara aseptis

Virus seperti mikroorganisme tanpa dinding sel (mikroplasma) umumnya tidak dapat ditahan oleh filter.

C.  Sterilisasi dengan Penyinaran (radiasi)

Sterilisasi dengan cara ini diperlukan jika sterilisasi panas maupun dinding tidak dapat dilakukan. Beberapa macam radiasi mengakibatkan letal terhadap sel-sel jasad renik dan mikroorganisme lain. Jenis radiasi termasuk bagian dari spkterum elektromagnetik, misalnya : sinar ultraviolet, sinar gamma, sinar x dan juga sinar katoda elektro kecepatan tinggi. Sinar ultraviolet mempunyai panjang gelombang 15-390 nm. Lampu sinar ultraviolet dengan panjang gelombang 260 – 270 nm, dimana sinar dengan panjang gelombang sekitar 265 nm mempunyai daya bakterisid yang tinggi. Lampu ultraviolet digunakan untuk mensterilkan ruangan, misalnya di kamar bedah, ruang pengisian obat dalam ampul dan flakon di industri farmasi, juga bisa digunakan diperusahaan makanan untuk mencegah pencemaran permukaan.

Sinar x mempunyai daya penetrasi lebih besar dibanding dengan sinar ultraviolet. Sinar gamma mempunyai daya penetrasi lebih besar dibandingkan dengan sinar x dan digunakan untuk mensterilkan material yang tebal, misalnya bungkusan alat-alat kedokteran atau paket makanan. Sinar katoda biasa dipakai menghapus hama pada suhu kamar terhadap barang-barang yang telah dibungkus.

D. Cara Kimia (Khemis)

Merupakan cara sterilisasi dengan bahan kimia. Beberapa istilah yang perlu difahami:

-          Desinfektan adalah suatu bahan kimia yang dapat membunuh sel-sel vegetatif dan jasad renik. Biasanya digunakan untuk obyek yang tidak hidup, karena akan merusak jaringan. Prosesnya disebut desinfeksi.

-          Antiseptik adalah suatu bahan atau zat yang dapat mencegah, melawan maupun membunuh pertumbuhan dan kegiatan jasat renik. Biasanya digunakan untuk tubuh. Prosesnya disebut antiseptis.

-          Biosidal adalah suatu zat yang aksinya dipakai unhtuk membunuh mikroorganisme, misal : bakterisid, virosid, sporosid.

-          Biostatik adalah zat yang aksinya untuk mencegah/menghambat pertumbuhan organisme, misal : bakteriostatik, fungistatik.

Ada beberapa zat yang bersifat anti mikroba.

1. Fenol dan derivatnya

Zat kimia ini bekerja dengan cara mempresipitasikan protein secara aktif atau merusak selaput sel dengan penurunan tegangan permukaan. Fenol cepat bekerja sebagai desinfektan maupun antiseptik tergantung konsentrasinya. Daya antimikroba fenol akan berkurang pada suasana alkali, suhu rendah, dan adanya sabun.

2. Alkohol

Alkohol beraksi dengan mendenaturasi protein dengan jalan dehidrasi dan melarutkan lemak sehingga membran sel rusak dan enzim-enzim akan diinaktifkan oleh alkohol. Etil alkohol (etanol) 50-70% mempunyai sifat bakterisid untuk bentuk vegetatif. Metanol daya bakterisidnya kurang dibandingkan etanol, dan beracun terhadap mata.

3. Halogen beserta gugusannya

Halogen beserta gugusannya ini mematikan mikroorganisme dengan cara mengoksidadi protein sehingga merusak membran dan menginaktifkan enzim-enzim. Misalnya :

-          Yodium dipakai untuk mendesinfeksi kulit sebelum dilakukan pembedahan

-          Hipoklorit digunakan untuk sanitasi alat-alat rumah tangga. Yang umum dipakai adalah kalsium dipoklorit dan sodium hipoklorit.

 4. Logam berat dan gugusannya

Logam berat dapat memprestasikan enzim-enzim atau protein esensial lain dalam sel sehingga dapat berfungsi sebagai anti mikroba.

Contoh :

-          Merkurokrom, merthiolat sebagai antiseptik.

-          Perak nitrat sebagai tetes mata guna mencegah penyakit mata pada bayi (Neonatol gonococcal ophthalmitic).

5. Deterjen

Dengan gugus hipofilik dan hidrofilik, deterjen akan merusak membran sitoplasma.

  i.      Aldehid

Aldehid mendesinfeksi dengan cara mendenaturasi protein. Contoh : formalin (formaldehid)

ii.      Gas sterilisator

Digunakan untuk bahan/alat yang tidak dapat disterilkan dengan panas tinggi atau dengan zat kimia cair. Pada proses ini material disterilkan dengan gas pada suhu kamar. Gas yang dipakai adalah ethilen oksida.

Kebaikannya   : ethilen oksida mempunyai daya sterilisasi yang besar dan daya penetrasinya besar

Kejelekannya  : ethilen oksida bersifat toksis dan mudah meledak.

 III.  Flora Normal

Sejak lahir manusia hidup di dalam biosphere yang mengandung mikroorganisme. Komposisi mikroorganisme di dalam lingkungan tidak pernah stastis, selalu berubah, ada pengurangan, ada penambahan, baik kualitatif ataupun kuantitatif. Dalam tubuh manusia terdapat bagian tubuh yang dihuni banyak mikroorganisme, disamping itu terdapat pula bagian yang steril. Habitat mikroorganisme temporer (tidak tetap) pada tubuh manusia, terdapat di bagian : laring, trakhea, bronkhi, sinus nasalis, esofagus, lambung dan bagian atas usus halus, traktus urinarius bagian atas, uretra posterior, bagian distal organ genetalis pria dan wanita.

Menentukan bahwa mikroorganisme  yang ditemukan dalam spesimen adalah penyebab suatu infeksi tidaklah mudah. Mengingat ada beberapa bagian tubuh yang memiliki flora normal. Sedangkan kriteria patogen sangat sulit ditentukan mengingat banyak organisme oportunis patogen kadang-kadang dapat menyebabkan penyakit tergantung beberapa faktor baik dalam hal kondisi hospes, mikroorganisme sendiri dan lingkungan yang sering berkaitan dengan tubuh manusia, sebenarnya batasnya tidak jelas. Untuk dapat menentukan bahwa organisme yang ditemukan pada spesimen klinik merupakan penyebab infeksi, atau hanya organisme kontaminan, memerlukan berbagai dukungan data yang lain.

Untuk dapat menentukan bahwa suatu mikroorganisme patogen atau mikroorganisme indigenous (penghuni flora normal) menjadi penyebab suatu penyakit atau gangguan kesehatan, ada beberapa hal yang perlu diperhatikan :

1.      Spesimen yang diperiksa untuk analisa mikrobiologik, berasal dari lesi yang dicurigai terlibat dalam proses infeksi, bukan dari area lain.

2.      Pengambilan spesimen telah dipersiapkan secara benar (diambil secara aseptik).

3.      Terdapat suatu informasi mengenai hospes alamiah, ataupun variasi mikroflora setempat (distribusi geografis).

4.      Latar belakang sosio-ekonomik, diet, cuaca, dan faktor lain yang dapat mempengaruhi hospes alamiah sehingga mempengaruhi mikrobiota dalam tubuh hospes.

Sampai saat ini tidak terdapat batasan jelas mengenai tingkat bahaya suatu mikroorganisme dalam hubungannya dengan manusia, untuk dapat dikategorikan sebagai spesimen patogen, tidak berbahaya atau organisme komensial. Mikroorganisme yang biasanya hidup terbatas dalam tubuh hewan liar, ataupun hewan piaraan, atau biasa merupakan penghuni tanah, tanaman dapat menjadi patogen pada manusia. Contohnya : Bacillus.sp tertentu, yang biasanya dianggap tidak berbahaya, ternyata mampu menimbulkan penyakit mata, terutama iridocyclitis dan panophtalmitis. Pada pasien yang lemah, organisme yang sama merupakan agen penyebab meningitis dan bakteremia. Kadang-kadang Bacillus.ssp menghambat penyembuhan luka bedah. Bacillus yang lain, penghasil toksin, dapat menimbulkan keracunan makanan.

A. Mikroorganisme Pada Traktus Respiratorius

Area yang selalu dihuni oleh mikroorganisme adalah : mulut, tenggorokkan (termasuk orofaring, nasofaring dan tonsil), sedangkan laring, bronkhi, bronkhioli, alveoli, dan sinus nasalis, biasanya merupakan area steril. Kontaminasi oleh organisme biasanya tergantung dari berbagai mekanisme pertahanan setempat. Mulut yang terdiri atas cavum buccalis, gigi, lidah, ginggiva, palatum, dan saliva selalu ditumbuhi berbagai macam organisme dalam jumlah banyak, sehingga sangat sulit menentukan batasan jumlah mikroorganisme sebagai penentu tingkat patogenitas kemoterapi jangka panjang yang mengalami luka pada lidah. Pasien yang mengalami defisiensi nutrisi atau kondisi kurang baik, sering mengalami lesi membran di permukaan rongga mulut. 

B. Luka dan Luka Bakar

Mikrobiota dari luka tergantung pada okasi anatomik, sebab terjadinya luka, derajat kontaminasi dari bagian yang batasannya dengan luka. Faktor di atas lebih berperan dibanding faktor penanganan keseimbangan hospes-parasit. Komplikasi pada luka traumatik biasanya disebabkan oleh organisme aerob endogen, terutama P. aeruginosa, S. aureus, E. Coli, Proteus spp, acinetobacter spp, enterococcus, Streptococcus group A, flavobakteria. Sedangkan organisme anaeorb yang sering terlibat adalah clostridia neurotoksik dan histotoksik, yang menyebabkan timbulnya gas gangren adalah C. perfringens tipe A, Clostridium Septicum, dan Clostridium nouyii. Clostridium tetani, tidak akan menimbulkan masalah p-ada individu yang telah diimunisasi.

C. Mikroorganisme di Traktus Genitorinarius

Area yang biasanya ditumbuhi oleh mikroorganisme adalah : genitalia eksterna, uretra anterior, vagina, sedangkan bagian lain pada umumnya steril. Flora pada genitalia eksterna biasanya sama dengan flora kulit. Sedang flora vagina, dipengaruhi oleh umur, faktor hormonal, kebiasaan seksual dan sebagainya.

Mikroorganisme di Kulit, Telinga dan Mata

Mikroorganisme tetap membentuk populasi pada kulit, telinga dan mata sangat dipengaruhi oleh kontak, kebiasaan, profesim, dan lain-lain dari individu yang bersangkutan.

Mikroorganisme di Traktus Gastrointestinalis

Distribusi geografis, diet, kebiasaan dan sanitasi merupakan faktor-faktor penentu mikroflora traktus gastrointestinalis. Area yang paling banyak mengandung mikrobiota adalah usus besar, organisme fekal juga ditemukan di ileum bawah pada orang sehat. Sedangkan area yang biasanya steril adalah esofagus dan lambung, walaupun mikroorganisme sering tertelan dibagian tersebut, tetapi tidak akan pernah hidup lama bagian dari traktus gastrointestinalis ini. Hal yang sama terjadi di usus halus (kecuali ilium bagian distal), hati, kantong empedu, biasanya bebas dari mikroorganisme.